王凡 1 , 李培 2 , 许芳 3 , 李风森 1
  • 1. 新疆医科大学附属中医医院(新疆乌鲁木齐 833000);
  • 2. 克拉玛依市独山子人民医院(新疆克拉玛依 833699);
  • 3. 新疆医科大学(新疆乌鲁木齐 833000);
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目的 应用生物信息学分析的方法探讨特发性肺间质纤维化(IPF)中差异表达的长链非编码 RNA(lncRNAs)及转录因子(TFs)。方法 从 NCBI 基因表达芯片数据库(GEO)下载与 IPF 相关的三个基因表达谱(GSE2052、GSE44723 以及 GSE24206),根据 NCBI Gene 数据库及 GENCODE v7 数据库的基因注释信息,将下载的数据进行注释合并。然后应用 R 软件(3.6.0 版本)的 limma 包,筛选出差异表达的基因(表达倍数>1 或<–1,且 P<0.05),并构建基因表达相关网络,采用 R 软件 clusterProfiler 包对差异表达的 lncRNA 及 TFs 进行功能富集分析,以推测其生物学功能。应用实时荧光定量聚合酶链反应验证筛选基因在 IPF 患者中的表达。结果 筛选出 8483 个差异表达的基因,其中 3 个 GEO 数据集中共有 29 个共同差异表达的基因,采用功能及通路富集分析注释差异表达的基因,通过蛋白质–蛋白质互作网络获得 18 个模块,主要涉及多聚泛素、高尔基小囊泡转运、胞内吞等功能。采用超几何检验的方法获得 IPF 中差异表达的 lncRNAs 和 TFs,并且相应的基因主要涉及泛素化介导的蛋白质水解、剪切体以及细胞周期等。其中的 lncMALAT1、E2F1 以及 YBX1 在 IPF 患者外周血中出现差异表达。   lncMALAT1、E2F1 以及 YBX1 可能是 IPF 发病和进展的调控基因,可为 IPF 的诊断治疗提供新途径。

引用本文: 王凡, 李培, 许芳, 李风森. 特发性肺间质纤维化中长链非编码 RNA 及转录因子的生物信息学挖掘. 中国呼吸与危重监护杂志, 2020, 19(6): 554-562. doi: 10.7507/1671-6205.201909064 复制

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